Povijest Hrvatskog geografskog društva seže u drugu polovicu 19. stoljeća. Kao godina osnutka uzima se 1897., kada je na poticaj prof. Petra Matkovića osnovano Geografsko društvo u Zagrebu. Nekoliko godina ranije prof. Matković, prvi sveučilišni profesor iz geografije u Hrvatskoj, osnovao je i Katedru za geografiju, prvu službenu geografsku instituciju u Hrvatskoj. U to je vrijeme njezino osnivanje bilo iznimno važno jer je omogućila visokoškolsku nastavu na hrvatskom jeziku, a utrla je i put znanstvenom geografskom istraživanju u Hrvatskoj. Dvije godine nakon osnutka Geografsko društvo se kao samostalna sekcija priključilo Hrvatskom naravoslovnom društvu.
Nakon Prvog svjetskog rata djelovanje Društva je zamrlo. Obnovio ga je 1929. godine prof. Artur Gavazzi i ujedno pokrenuo izlaženje Hrvatskog geografskog glasnika. Još jedan prekid u radu Društva bio je uzrokovan teškim povijesnim prilikama u vrijeme Drugog svjetskog rata.
